این معاونت مسؤولیت اغلب امور دانشگاهی در سطح دانشگاه را بر عهده دارد. بر اساس آیین‌نامه جامع مدیریت دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری مصوب جلسه 684 مورخ 10/12/1389 شورای عالی انقلاب فرهنگی، معاون آموزشی دارای وظایف زیر می‌باشد:

وظایف عمومی معاونان:

 1- ابلاغ کلیه مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های ابلاغی از سوی رئیس دانشگاه به واحدهای ذی‌ربط و پیگیری و نظارت بر حسن اجرای آن

2- تدوین آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها و دستور جلسات مرتبط با وظایف معاونت جهت پیشنهاد به مراجع ذی‌صلاح برای تصویب

3- ارائه گزارش‌های توجیهی لازم به رئیس دانشگاه در خصوص وظایف مربوطه به واحدهای تحت نظر

4- پیشنهاد افراد واجد شرایط برای تصدی سمت‌های مدیریتی در حوزه معاونت به ریاست دانشگاه

5- نظارت بر واحدهای وابسته به منظور حصول اطمینان از حسن اجرای وظایف آنها

6- برنامه‌ریزی، تنظیم فعالیت‌ها و پیشنهاد بودجه سالیانه معاونت ذی‌ربط مطابق با اولویت‌های دانشگاه

7- همکاری با سایر معاونت‌ها جهت جسن اجرای برنامه‌های دانشگاه

8- انجام سایر امور محوله از سوی رئیس دانشگاه

 وظایف اختصاصی معاون آموزشی:

 1- اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه سیاست‌ها، مقررات و فرایندهای آموزش و تحصیلات تکمیلی دانشگاه، منطبق بر قوانین، مصوبات، مقررات و آیین‌نامه‌های اجرایی مربوطه با رویکرد گسترش دوره‌های تحصیلات تکمیلی

2- برنامه‌ریزی امور آموزشی و تحصیلات تکمیلی با همکاری واحدهای ذی‌ربط و نظارت بر حسن اجرای وظایف واحدهای وابسته و اجرای برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزشی هر دانشکده و ارزیابی آن و ارائه گزارش لازم به هیأت رئیسه

3- پایش و ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان و اعضای هیأت علمی و مدیران آموزشی واحدهای مختلف در هر نیمسال و انعکاس آن به ریاست دانشگاه و اعلام نتیجه ارزیابی به اعضای هیأت علمی

4- اجرای دوره‌های کوتاه مدت آموزشی و ضمن خدمت

5- برنامه‌ریزی جهت تأمین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی - آموزشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی اسلامی

6- برنامه‌ریزی آموزشی دانشگاه در راستای سند چشم‌انداز، نقشه جامع علمی و آمایش سرزمین

7- اهتمام به برگزاری دوره‌های توانمندسازی و دانش‌افزایی

8- ارزیابی و بازنگری محتوای سرفصل‌ها به منظور به روز رسانی کارآمدی اعضای هیأت علمی دانشگاه، غنابخشی و ارزش‌مداری و ارائه پیشنهاد لازم به وزارت

9- برنامه‌ریزی برای ارتقای مهارت‌های علمی - تخصصی دانشجویان جهت ورود به جامعه

10- نظارت و ارزیابی فرایند اجرایی شدن نقشه جامع علمی کشور در دانشگاه با هماهنگی وزارت متبوع